員工上班遲到被扣工資不合法，但是因勞動者的原因造成公司損失可扣除工資，每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：用人單位代扣代繳的個人所得稅；用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；其他。

　　法律依據(jù)

　　《工資支付暫行規(guī)定》第十六條

　　因勞動者本人原因給用人單位造成經(jīng)濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經(jīng)濟損失。經(jīng)濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付。

　　克扣工資指企業(yè)無正當理由扣減員工應得工資（即在員工已提供正常勞動的前提下企業(yè)按勞動合同規(guī)定的標準應當支付給員工的全部勞動報酬）。

　　克扣工資不包括以下減發(fā)工資的情況：（1）國家的法律、法規(guī)中有明確規(guī)定的；（2）依法簽訂的勞動合同中有明確規(guī)定的；（3）用人單位依法制定并經(jīng)職代會批準的廠規(guī)、廠紀中有明確規(guī)定的；（4）企業(yè)工資總額與經(jīng)濟效益相聯(lián)系，經(jīng)濟效益下浮時，工資必須下浮的（但支付給勞動者工資不得低于當?shù)刈畹凸べY標準）；（5）因勞動者請事假等相應減發(fā)工資等。

　　根據(jù)勞動部《對〈工資支付暫行規(guī)定〉有關問題的補充規(guī)定》（勞部發(fā)[1995]226號），“克扣”系指用人單位無正當理由扣減勞動者應得工資（即在勞動者已提供正常勞動前提下用人單位按勞動合同規(guī)定的標準應當支付給勞動者的全部勞動報酬。

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